SMA Negeri 1 Jogonalan terus menunjukkan komitmennya dalam membentuk generasi muda yang tidak hanya unggul dalam bidang akademik, tetapi juga kokoh dalam keimanan dan moralitas. Sebagai bagian dari penguatan pendidikan karakter, sekolah ini menyelenggarakan program kokurikuler keagamaan yang mencakup pembinaan spiritual bagi siswa beragama Hindu, Kristen, Katolik, dan Islam.
Program ini dirancang secara sistematis dan terstruktur untuk memperdalam pemahaman terhadap nilai-nilai keagamaan serta mendorong implementasi ajaran agama dalam kehidupan sehari-hari. Kegiatan yang dilakukan meliputi pengajian, doa bersama, pembinaan rutin, hingga peringatan hari besar keagamaan.
Selain memperkuat sisi spiritual peserta didik, kegiatan ini juga menjadi sarana untuk menumbuhkan sikap toleransi, mempererat hubungan antarsiswa lintas agama, menciptakan lingkungan sekolah yang harmonis dan inklusif, serta dapat mencetak peserta didik yang tidak hanya cerdas secara intelektual, tetapi juga berakhlak mulia dan berwawasan luas.